Dreamweaverは、「ファイルの置き場所を変える」、「ファイル名を変える」などをすると、自動的にそのファイルへのリンクを修正してくれます。しかし、CSSファイルの中も同様に更新してしまうと、せっかく作ったCSSがごっそり消えてしまうことが有ります。
こうなってしまわないために、CSSは自動更新はしないようにしましょう。